Hi Hannes,
was Pizman sagt, kommt soweit hin, es bleibt nur ein Problem: die Lüfter selbst. Die meisten Lüfter, die eine anständige Luftumwälzung haben, laufen mit 12V. Die, die mit 5V laufen, sind mit 8cm Durchmesser eher mickrig und bewegen so um die 20m³/h.
PWM hat im Grunde immer die gleiche Spannung, bei den Servos dürften das 5V sein. Das Geheimnis ist eben PWM, also Puls-Weiten-Modulation. Die Länge des Pulses liefert die entsprechende Energie. Gesteuert wird hier also nicht die Amplitude (Höhe der Spannung), sondern die Länge zwischen 5V-Puls und der Pause, in der keine Spannung gesendet wird. Je länger der Puls mit 5V, desto mehr Leistung geht auch an den Lüfter (nachzulesen hier:
https://de.wikipedia.org/wiki/Pulsdauermodulation)
Das Problem dürfte sein, mit einem 5V-Signal einen 12V-Lüfter anzusteuern. Da dürfte der Lüfter nichtmal zucken, es sei denn, er hat einen entsprechenden Verstärker vorgeschaltet, der die Amplitude von 5 auf 12V anhebt.
Ein weiteres Problem dürfte die Leistung sein, die ein solcher Lüfter benötigt. Diese liegt bei den 5V-Lüftern bereits bei 70-80 mA oder 0,4W. Für einen Mega-Pin also zu viel. Hier müßte man schauen, ob es einen entsprechenden Shield für den Mega gibt. Dann sollte es bei der Umsetzung keine Probleme geben.
Die nächste Möglichkeit wäre es, einen Servo vom Mega anzusteuern und dann z.B. über einen Zahnriemen ein Poti zu steuern, das die Lüftersteuerung übernimmt. Hier kann man dann auch gleich eine Mechanik bauen, die mehrere Lüfter mit dem Zahnriemen ansteuert. Sonst müßte man ggf. bei dem Poti auf ein Drahtpoti ausweichen, daß die höhere Leistung für mehrere Lüfter verträgt. Zu beachten wäre hier lediglich, daß ein Servo i.d.R. nur 180° dreht, ein Poti aber 270°. Dies müßte bei der Dimensionierung des Zahnriemens bzw. der Untersetzung berücksichtigt werden.
Das PWM-Signal zur Servosteuerung kann auch von MF kommen. Den Pin als Servo-Device definieren und damit einen Leistungstransistor ansteuen. Da der Transistor durch PWM im Sättigungsbereich betrieben wird, reicht hier eine einfache Schaltung für den Transistor als Schalter, denn er muß ja lediglich für die Zeit des positiven Impulses einschalten und wird in der Pulspause abgeschaltet.. Den Ausgang der Schaltung in den Emitterkreis des Transistors legen und damit dann die Lüfter anzusteuern, sollte problemlos gehen. Gehen sollte auch, den Transistor an der Basis mit dem Mega-PWM-Signal anzusteuern und den Kollektor an die 12V zu legen und die Leistung über den Emitter an die Lüfter zu geben. Entsprechende simple Schaltungen findest du hier:
https://www.mikrocontroller.net/articles/Transistor
Bei externen Netzteilen ist lediglich zu beachten, daß der GND des Mega und des externen Netzteils miteinander verbunden werden. Die unterschiedlichen Spannungen (5V und 12V) spielen eine untergeordnete Rolle, solange sie keine direkte Verbindung zueinander haben, weil die Stromkreise nicht galvanisch voneinander getrennt sind. Fehler machen sich hier durch Rauchzeichen bemerkbar ;-) Da du aber aus dem Modellbereich kommst, sollte das für dich kein Problem darstellen.
Für welche Lösung du dich letztlich entscheidest, hängt von dir ab.